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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出宽泛的微生物抗逆性，主要包括抗肺部肿瘤和抵抗疾病毒的功效。一般，三萜是完成甲羟戊酸经过分解的，并从大自然草木和真菌孢子中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研探讨综述。该钻研探讨发现了三萜类有机化合物野生虫草酸（GA）是按照介质液体陪养的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微怪物转换带来的。确认转录组和蛋清质组学技木工艺进步探寻无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT带来两种方式野生灵芝粉酸（GA）的管理机制，并利用两组学技木工艺的检测到的之间的关系人类基因和之间的关系蛋清，得出DHT 微怪物组成 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能性等级分类

确认对无柄虫草真菌孢子菌丝体确定转录组测序共有67230个转录本和14294个单遗传基因遗传组。在许多单遗传基因遗传组中，49俩被认定为差别的展现遗传基因遗传组（DEGs），这当中213个展现上浮，279个展现变动（图1A）。GO含有分享后，DEGs包含菌物阶段中（BP）、组织成份（CC）和团伙能力（MF）3类。在BP专业类属中，显现了前三子专业类属：抗菌素可分解分解阶段中，醋酸钠盐分解阶段中和甲酸盐分解阶段中 ;而在CC专业类属中，组织外区、突触黏结体、突触结构设计是前三亚类。对于那些MF专业类属，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、空气氧化替换酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）衔接酶几丁质酶是前三亚专业类属（图1B）。在DEGs的KEGG径路分享中，前30条含有度最底的径路有27条都是分解，这当中甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解表现径路更为明显含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和实用功能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体完成胆固醇质组学分享一下，总计有设定了16,457种多样肽、2606种胆固醇质和2588种酶联免疫法胆固醇质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立要求下，没有你2606种胆固醇质中，94种被亲子鉴定为不同把你想体现出来胆固醇（DEPs），中间52种调整，42种下跌（图2A），图2C表现了不同把你想体现出来胆固醇的聚类分享法分享一下热图。从GO分享一下看来，BP门类表现，基本数DEPs参与进来乙酸盐消化吸收进程、抗菌药分解的成消化吸收进程和药物治疗分解的成消化吸收进程。CC类DEPs在人体上皮癌细胞核外区、过腐蚀的物酶体和微体中覆盖率极高，腐蚀的还原成酶吸附性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）吸附性酶类在MF类中DEPs的比例图极高（图2B）。与转录组毕竟类同，KEGG环路分享一下表现，有很多DEPs在消化吸收中动物聚集，中间3条最动物聚集的条件是光合动物中的碳固定不动、碳消化吸收和MAPK网络信号环路（图2D）。最后，经过分享一下GO信息库的CC对DEPs完成亚人体上皮癌细胞核wifi定位分享一下和参考文献标注（图2E），DEPs首要分布范围在人体上皮癌细胞核质（40.66%）、人体上皮癌细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs动物制成的首要地理位置。

图2|核苷酸质组的定量剖析剖析和工作认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转换和较组备选DEGs和DEPs做成了维恩图，有20个差异化表述染色体组组（图3A）。对转录组和球营养素组中E组和C组一共的DEGs/DEPs开展聚类算法剖析，显示mRNA和球营养素内有19个上浮染色体组组和9个下跌染色体组组，DEGs和它翻译工作的DEPs表述平均水平呈正关于，通过Pearson的关于指数公式剖析，在转录组和球营养素组内论文检测到相较较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）判断结局提示，E组和C组15个DEGs的呈现方法含量性别差异特殊，在当中9个为调整DEGs，8个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现方法趋势英文与转录成分析结局保持一致。

图3|球蛋白组的参考值了解和职能验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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